时间一晃即逝，距离和辉夜姬一战，第四忍界大战落下帷幕，整个忍者世界恢复和平，在总统再不斩的带领下，进入了大发展时期。
妖怪们和海贼们也都回到了各自的世界，这趟异世界之旅，让他们触动很大，尤其是海贼们，他们第一次感受到，什么叫做天外有天，人外有人，连强大的白胡子老爹都被人控制，成为敌人的傀儡。
白胡子老爹也认了小兰当干女儿，对同样拥有震荡之力的小兰，白胡子老爹可是喜欢的紧。
忍者世界的五大国和诸多小国合并，正式成立联邦整体，忍村模式依然保存下来，但是，联合成立了忍者议会，所有忍者必须登记在案，每年都要到忍者议会报道。
和辉夜姬一战，无限月读的恐怖力量，给了所有人敲响了警钟，所有的禁术，都封存起来，未经忍者议会许可，不可让旁人学习。
除此之外，第五代火影年近六十的纲手退位，由卡卡西继承火影之位，成为第六代目火影。
恢复青春的三代火影老爷子，不想承受火影位置带来的重担，带着团藏的牌位离开木叶，到处游历，完成年轻时未完成的心愿，把木叶交给了卡卡西。
卡卡西体内有着初代火影的细胞，双眼是万花筒写轮眼，神威之力鬼神莫测，其实力是五影之首，也是忍者议会的第一任会长。
宇智波斑本是第四次忍界大战的源头，但是，最终的幕后黑手是黑绝和辉夜姬，宇智波斑也是受害者，念在宇智波斑和辉夜姬战斗有功，功罪相抵。
宇智波斑无罪，恢复清白之身，因为宇智波斑实力极强，卡卡西在忍者议会中，让宇智波斑挂着名誉长老的头衔。
虽然，宇智波斑对什么名誉长老，表示很不屑，但看在凯撒的面子上，也没有说什么。
大蛇丸也洗脱‘冤屈’，从叛忍名录中剔除，成为忍者议会的科研部张并兼任长老，
大蛇丸还靠着从宇智波斑身上得到的素材，还有宇智波带土收集来的，宇智波一族的无数写轮眼，对万花筒写轮眼的研究，也有了突破性的进展。
再攻克几个难题，大蛇丸或许就可以，不需要直系血亲的写轮眼，就能将万花筒写轮眼提升至真正的永恒万花筒级别，而不是靠着初代火影细胞，来达到伪·永恒万花筒。
还有值得一说的事情，就是三船和古伊娜，率领着铁之国，离开了忍者世界，搬进了海贼世界。
忍者世界里到处都是忍者，已经没有多少武士生存的空间，在忍者世界，武士之道是无法发展的，只会逐步走向末途。
但是，海贼世界不同，海贼世界剑道盛行，有无数剑客在以世界第一大剑豪为目标而努力，铁之国的武士在海贼世界将会重获新生。
克洛克达尔的巴洛特工作社，也在忍者世界建立了分部，手下有赏金猎人、有海贼，也有忍者，特工遍布海贼和忍者世界。
忍者世界步入了正轨，不再需要凯撒操心，在发生什么事情，也有联邦和忍者议会在，宇智波斑、佐助、鼬和鸣人等人也都不是吃素的。
凯撒目前最重要的工作，就是连接数码世界，通过小兰等人，了解数码世界具体发生了什么事。